下载序列并保存到文本中的方法
想要知道如何下载一些序列并保存到文本中的python方法,可以参考以下这段代码。下面这段代码示例是从NCBI下载基因序列,读取文件(每行一个ID)中的GeneID,下载其序列并保存到文件中的应用。
关注本篇文章的人同时还关注了:python open()函数文件操作方法。
#!/usr/bin/env python # -*- coding:utf-8 -*- __date__ = '2008-10-30' from Bio import Entrez def read_id(file_name): '''从文件中读取GeneID''' id_array = [] fh = open(file_name, 'r') lines = fh.readlines() for line in lines: id = line.strip() id_array.append(id) fh.close() id_array = ','.join(id_array) return id_array def download_seq (id_array): '''根据GeneID下载相应格式的序列''' result_handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", rettype="genbank", id=id_array) result = result_handle.read() return result def write_to_file(file_out_name, content): '''将序列写入文件中 ''' fh = open(file_out_name, 'w') fh.write(content) fh.close() def main(): '''主控制程序''' file_name = 'id_list.txt' file_out_name = 'sequences.txt' id_array = read_id(file_name) result = download_seq(id_array) write_to_file(file_out_name, result) #www.iplaypy.com if __name__ == '__main__': main()
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